8月下旬，叶飞由北戴河回到厦门前线。此时大、小金门蒋占岛屿，包括金门唯一的港口料罗湾和海面，全部在我炮火射程之内，完全被我炮火封锁，金门和台湾的海上通道截断了。为了补给金门，台湾从海上运输，以海军护航，我军炮火即转向攻击其海上运输线，专门打它的海上运输船只。蒋军舰只受到严重打击，不断被我海岸炮火击沉击伤，最后，金门海上运输线完全被我截断了。金门不但弹药补给中断了，粮食、燃料的补给也中断了，储备的炮弹也在半个月炮战中消耗得差不多。储备粮只有一个月，也消耗差不多了，于是频频向台湾告急。蒋介石即请求美军护航。以恢复金门的海上补给线。
9月7日，美蒋组成一支海上大编队。美舰配置在海上编队左、右两侧护航，把蒋军舰只运输船只夹在中间，美舰和蒋军舰只相距仅2海里，由台湾向金门开来。美蒋联合编队从台湾一出动，我军在雷达上就看得一清二楚。情况复杂化了，美军已经卷入，怎么办？打不打？如果一打，势必会把美舰一起带上，这就可能把美国拖下水，同美军发生直接冲突。所以，打不打美蒋海军联合编队，事关重大，不是一个单纯的军事行动，这不是前线指挥员有权可以作出决定的，只能由中央、最高统帅才能作出决定的，叶飞立即请示。
回答：“照打不误。叶飞又请示：是不是连美舰一起打？回答：只打蒋舰，不打美舰。并且交代要等美蒋联合编队抵达金门料罗湾口才打，要叶飞每一小时报告一次美蒋联合编队的位置、编队队形、航行情况，到达金门料罗湾时，要等北京的命令才能开火。
叶飞为了准确执行只打蒋舰、不打美舰的命令又请示：我们不打美舰，但如果美舰向我开火，我们是否还击？明确回答：没有命令不准还击。
命令是由总参作战部长王尚荣以直达军用专线电话向叶飞转达的。叶飞接到这个电话，极为吃惊，恐怕电话传达命令不准确，铸成大错，再问王尚荣：如果美舰向我开火，我是不是也不还击？回答是命令不准还击，清清楚楚。
这样叶飞就说：明白了，我严格按照的命令执行。
这一下叶飞就极为紧张了，因为要严格执行的命令，只打蒋舰，不准打美舰，这很不好办。美舰和蒋舰相距仅2海里，如果哪一个炮群瞄不准确，稍有误差，就会打到美舰。至于如美舰向我开炮，我不予还击，这倒还比较好办。
叶飞为了准确执行的命令，就亲自向31军及各炮兵群下达命令：待美蒋联合编队抵达金门料罗湾港口，北京下了命令后才开炮；各炮群只打蒋舰，不准打美舰；如美舰向我开火，我不予还击！各炮群接到叶飞这个命令，都吃惊了，纷纷追问。叶飞又把命令再复述一次，并问炮群是否都听清楚了，明白了？各炮群回答听清楚了，明白了，按的命令严格执行。
9月7日中午12时正，美蒋海军联合编队抵达金门料罗湾港口，运输船只开始在料罗湾港口码头上卸下补给物资。情况直报北京，下令开火。全线所有炮群接到命令，即以突然的密集火力攻击蒋舰及其运输船只，集中攻击料罗湾港口码头。没想到我军一开炮，美舰丢下蒋舰及运输船只不顾，立即掉头向台湾方向逃去。这时，金门蒋军和在料罗湾的蒋舰纷纷向台湾告急。台湾问：“美国朋友？美舰呢？”蒋舰回答：“什么朋友不朋友？美舰已经掉头跑了！”他们大骂“美国人混蛋”，使用报话机通话，连密码都不用，我军的侦听机听得清清楚楚。蒋舰被我军击沉3艘、击伤数艘。台湾即下令蒋舰返航，这一场惊险的战斗就这样戏剧性地宣告结束。