此刻，昌都正陷入一片混乱。
当解放军渡江的消息风传全城时，士兵、喇嘛和居民在昂曲河边汇成一片。持枪的士兵们东逛西窜，不知如何是好。
10月12日，从昌都以南的宁静（芒康县），传来藏军第九代本德格-格桑旺堆率三百四十余人宣布起义的消息。霎时间，昌都藏军的军心崩溃了。
10月16日夜，总管阿沛得知解放军已逼近昌都，类乌齐一带后方也出现了神出鬼没的汉人军队。早就不愿抵抗的总管命令，翌晨弃城西撤。17日，弹药库的爆炸声震得昌都城颤抖不已。随之，藏政府官员、士兵们拖儿带女顺着西边的山路仓皇离开昌都。乱兵沿路抢劫，为解放军赢得民心铺平了道路。
整个昌都战役过程中，解放军只在小乌拉、岗托等三处遇到了较强硬的抵抗。岗托渡口，攻击藏军十代本的是由军工兵营、侦察营和52师炮兵连组成的左路部队。10月7日，东岸解放军开始抢渡金沙江。一瞬间，重机枪、迫击炮向对岸藏军猛烈轰击，阵地上一片火海，藏军躲在石缝中顽强抵抗。解放军的牛皮船驶进激流，向对岸奋力划动。江面上，枪林弹雨交织成严密的火网，有一只牛皮船被枪弹和激流掀翻，船和人刹那间葬身水底。
两小时后，被巨浪冲向下游的牛皮船靠上西岸，解放军跃上江边乱石，开始向对面藏军阵地逼近。同时，炮火和枪弹暴雨般倾洒到山后的藏军队伍里，牛皮船上和两岸的解放军发出了吼声，藏军弃地撤退，夺路西逃……
对于俘获的负伤藏军官兵，解放军全部收容并予以医治。对投诚的官兵、家属每人给8元以上的银元作路费，每三人发一匹马。当解放军的粮食运到以后，还发放给藏军官兵，使他们手中有钱，袋中有粮，并有马匹驮运衣物，走上返乡之路。被遣散的人员无不感谢解放军的宽大政策，有的叩头流泪，对解放军干部说：你们解放军是菩萨兵，是救命恩人，返回家乡后，再不替噶厦卖命了。
昌都战役于24日结束，历时18天。经过大小战斗20余次，全歼昌都藏军总部及三、七、八、十等6个代本全部和二、四、六代本之大部、并争取第九代本起义，共计歼敌5700余人，占当时藏军总数的三分之一。其中俘代本以上文武官员18名，英印特务福特等4名，缴获山炮3门，重机枪9挺，轻机枪48挺，各种冲锋枪、步枪3千余支及其他军用物资部分。
昌都战役的胜利，正如所说的那样，“是解放西藏的淮海战役”。整个西藏被解除了心理和实力上的抵抗，只有一条路可走，那就是和平谈判。