早在1949年5月下旬，就责成华东野战军副司令员粟裕组织三野部队进行攻台准备，因当时上海战役刚刚结束，华东许多地区还未解放，已占地区又需要分兵剿匪，所以只能抽出野战军主力第9兵团的4个军部队进行攻台的训练，并兼任上海地区警备。
金门和登步失利后，华东野战军首长对渡海作战艰巨性的认识不断提高，台湾战役的计划也一再被修改。
1949年秋天制定的台湾战役计划是投入8个军的兵力，其中以第9兵团的4个军（第20、第23、第26、第27军）为第一梯队。1949年末华东野战军首长经研究决定增加投入战役的兵力，三野部队除担任剿匪和地方警备任务外，主力12个军全部参加攻台。中央军委马上同意了这一意见。当时，因为美国公开表现出和台湾国民党当局拉开距离的政策，所以一般估计攻台时美军不会介入。栗裕副司令员在《华东军区一九五零年政治工作指示》中曾解释说： 直接参战在政策上、军事上都是对美帝不利的，所以美帝只能间接参战，如动员日本的“志愿兵”去帮助蒋匪。
基于这种估计，华东野战军在研究台湾战役的计划时，曾设想了同日本援蒋军人作战的可能性，并有信心消灭这些“志愿兵”。根据当时的国际国内形势，中央军委认为应在尽可能短的时间内完成台湾战役的准备，早日完成解放全中国的任务，以实现祖国统一。
为争取尽可能先在沿海岛屿歼灭国民党军主力，人民解放军在准备对舟山、海南岛和金门实施攻击时，都强调要集中优势兵力，确保登陆后能够有把握打歼灭战。经中央军委同意，在第四野战军攻击海南岛的同时，华东野战军决定调集第7、第9兵团共6个军（第20、第21、第22、第23、第26、第27军）20万人发起舟山战役；并调第24、第25、第32军入闽，接替第10兵团（辖第28、第29、第31军）的剿匪及修筑道路、机场等任务，以腾出该兵团用以攻占金门。
华东野战军还准备将对舟山、金门的攻击作为攻台的实战演习。
为了更细致地筹划台湾战役的具体事宜…1950年3月11日新任海军司令员的肖劲光同粟裕会商了攻台的准备工作。中央军委同意华野领导和海军会商的意见，设想投入50万部队用于渡海攻台，分两次运送。
当时作出这一设想，是对东南沿海国共双方军事力量进行对比分析后作出的估算。国民党陆海空军总共还有50多万军队，其中在舟山、金门和海南岛的部队随时又有撤回台湾集中力量防御的可能，再加上少量日本“志愿”人员的协助，还有一定的战斗力。解放军进行的又是背水的登陆作战，按照一般的登陆作战规律，第一批登陆部队要有能突破防线并向纵深发展的充裕力量，而最忌“添油”式的逐次增兵。所以预定第一梯队要有足够的兵力，再待第二梯队上岸，总兵力至少应和台湾守军大致相当。当时人民解放军各部队的战斗力明显高于同等数量的国民党军，有50万部队登陆就可以确保在短期内不间断地发展胜利，以占领全岛。根据这一设想，华东野战军准备在舟山战役结束后，以第7、第9兵团担任攻台的第一梯队，第10兵团和入闵的另外3个军担任第二梯队。这祥，华东野战军的12个军部队连同后勤支援人员，投入台湾战役的总兵力将达50万人。在大陆内地，第四野战军以第13兵团（辖第38、第39、第40军）担任全军的战略预备队，西北野战军抽出第19兵团（原华北第2兵团，辖第63、第64、第65军），作为中央军委可以随时调动的机动力量。
当时，要实现这一登陆作战的设想，最大的困难来自两个方面：一是缺乏渡海船只，二是海空军掩护问题还有待解决。
解决渡海船只问题，在建国初期的条件下是一大难题。要运送50万部队渡海，连同装备、粮弹、饮水、燃料、马匹、车辆等，所需船只甚多。
根据金门作战的经验，第二梯队不能依赖第一梯队的船只返航接运，而必须自备船只。因此，中央军委估计需筹集几十万吨位的船只。台湾海陕海宽浪大，渔民的小帆船难以航渡，需用轮船或较大的机帆船。近代中国海运一直不发达，沿海地区机器动力的船只很少，国民党军从大陆撤退时又将大多数轮船带走或加以破坏，所以要靠从沿海现有的船只中筹集几十万吨位的机动船是办不到的。
解决海空掩护问题，也是保证渡海攻台成功所必不可少的前提，而人民解放军当时确实不具备这种条件。台湾距大陆最近距离也在8O海里以上，平均距离则有100多海里，解放军对金门、海南岛发起进攻时，航渡距离只有5－15海里，以帆船航行几小时即可到达，完全可以在一夜间起航并完成登陆，从而能大大减少国民党空军的攻击和海军拦截的威胁，向台湾航渡则完全不具备这种夜航登陆的条件。解放军当时拥有的舰船时速大多只有七、八海里，向台湾航渡需要一天一夜时间，庞大的船队一旦没有夜幕遮蔽，在完全暴露的海面上必然会遭到国民党海空军的全力拦截攻击，没有海空军掩护的船队将会遭到极惨重的损失，根本不可能达成登陆成功的目的。因此有了渡海的船只后，还必须建成一支能够较敌方具有优势的海空军，才能保证台湾战役这种规模的渡海作战的胜利。
中央军委在筹划台湾战役时，鉴于上述的这两个主要困难，决定在不影响恢复国民经济的前提下，筹集财力物力修造船只，并尽快建设海空军。但是在当时中国工业基础极为薄弱、技术设备极其落后的条件下，筹集修造大量船只和建设海空军都非短期所能完成。
沿海地区解放后，人民海军征集到可用的商船、渔船仅有169艘，www.youxs.org。解放初期我国沿海的造船工业一般只能制造内河小船，修船能力也十分有限。当时国民党空军又以沿海的造船厂和较大的船只为主要轰炸目标，如1950年1月25日对江南造船厂一次轰炸，就炸毁炸伤“常州”号、“万寿花”号等26艘舰船，严重影响了修造船的进度，鉴于这种情况。
中央在加强对港口上空防护的同时，要求沿海地区各造船厂抓紧修复被破坏的轮船，并大量赶造投资少、工期短并有一定抗风浪能力的机帆船。此外，中央利用英国已承认新中国，想建立关系的有利条件，在香港购买到旧船48艘，www.youxs.org，并向英商继续洽商购买。不过既便如此，至少还需要相当一段时间才能达到筹集几十万吨位船只的数量要求。
1950年6月6日至9日，中央在北京召开了七届三中全会。会上，华东军区副司令员粟裕汇报了解放台湾的各项准备工作。栗裕请求由中央军委直接组织指挥台湾战役，则决定这一战役仍由栗裕指挥。中央军委、作出这一决定，是由于粟裕在解放战争的多数时间里实际担负了华东战场的主要指挥责任，1948年陈毅调任中原军区第一副司令员后粟裕还担任了华东野战军代司令员，在华东解放战争中显示出高超的指挥才能。台湾战役由粟裕担任指挥员，在当时是最合适的人选。