一场并没有经过细致研究，又缺乏渡海船只的两栖作战就这祥在24日晚7时开始了。28军第1梯队登船完毕后，军前指曾一度犹豫，再次向兵团请示：是否按原计划行动？而怀着捕捉战机的兵团领导传来不容变更的指示：决心不变！
24日深夜潮涨之时，由28军82师244团、84师251团和29军85师253团组成的进攻金门第一梯队分别从莲河、大橙岛、后村等地启航，原计划中的82师指挥所因船少而未参加第一梯队的登陆作战，由于渡海前各部队没有进行协同演练，所以，登陆船队一离开码头，即与上级指挥所失去联系，而且在航渡中遭到国民党炮火拦截时，登陆船队间又缺乏协同作战的经验，一些船只已在航渡中被打散。
尽管如此，我第一梯队的3支登陆部队在25日凌晨2点分别登陆成功。左翼244团在金门岛蜂腰部北岸琼林、兰厝间登陆成功，抓获国民党官兵100余人，占领了敌十多个碉堡；中路的251团先头营在金门岛西北部的安歧以北、林厝以东顺利登陆后，后续营的登陆却遭到敌炮火的猛烈袭击，伤亡近三分之一；右翼253团在西北角的古宁头、林厝间顺利登陆后，随即向敌发起进攻，于拂晓前攻占了古宁头滩头阵地。
我第一梯队登陆是较为顺利的，但除了右翼的253团3营巩固了团的登陆场外（后来的事实表明，253团3营巩固的登陆场，为整个登陆部队后来坚持3昼夜的抗击创造了极为基本的条件），3支登陆部队没有统一的指挥，在“有几个人打几个人的仗，不等待，不犹豫，向里**”的战术思想支配下，兵分几路向纵深处**狠打，在突破了敌第一道防线之后，于拂晓前攻至西山、观音亭山、湖尾、湖南高地及安歧、埔头一带，之后，又乘胜向敌第二道防线发起了猛烈的进攻。
第一梯队登陆成功之前，28军前指已分别安排了3名军部参谋负责组织船队返航。临行前，28军副军长握着3位参谋的手说：“你们别无其他任务，你们的任务就是组织和督促船队抵滩登陆后迅速返航，切记！切记！一定要迅速返航！”
可是，登陆部队成功登陆之后，船队却没有返航。
原来，第一梯队船只登陆时，在早晨2点钟左右，是涨潮的最高峰，国民党军原先设在海滩的障碍物多被潮水覆盖，许多船只冲到障碍物的上面，船底被挂住了，部队被迫在障碍物中下水，而船只却一时难以动弹，加上当时敌人的火力较猛，船工们纷纷躲避，各船抵滩也有先有后，3位参谋的叫喊声被巨大的枪炮声淹没了，只有等待我军攻占了滩头阵地后，才能将到处藏身的船工召回返航。可谁也没有想到，我军还未站稳滩头，大海就已开始退潮，而且退得极快，当三位参谋发现退潮时，潮水已经退到10米开外。
这几十艘返航的船只在离开金门岛时，就遭到敌滩头的排炮袭击，不少船只被击沉、击伤，后来，船队又遇到了国民党海军军舰的拦截，从古宁头返航的船队又莫明其妙地误驶入敌军舰潜伏区，后又被我军情报船误为国民党的增援船队，而后竟离奇地被我军布置在厦门湾、石码一线的远程炮群全部击沉。
25日上午6时，萧锋副军长，85师师长兼政委朱云兼政委等心急如焚，已经放亮的天空一片渗烈的景象留下了：指挥员们隔海看到了在敌军轰炸和炮击中燃烧的船只，原定运送11000人登岛作战的第二、第三梯队计划已经难以实施。无可奈何之中，他们向兵团领导请求援助。请求立即派船只支援，可此时哪里还有什么船只？