进攻金门的任务由我28军82师全部、84师251团、29军85师253团及87师259团共6个团的兵力担任。
28军是1947年4月由原八路军山东渤海军区的地方武装升级组建的华东野战军第10纵队发展起来的。
29军原是1945年11月由原新四军苏中地方武装建立起来的第7纵队，1947年初升为华东野战军第11纵队，主力北撤山东后留在苏中敌后进行游击战争。
在解放战争中，28军脱颖而出，以善守称著；29军以前缺乏打大仗的锻炼，在进攻上海时，三野的首长有意将其布列于主攻方向，使其积累一些经验。总的说来，这两个军的官兵已具备了攻坚作战的能力，但这两个军和全军其他部队一样，没有两栖作战的训练，而且，被胜利激励着的部队也没有对两栖作战的困难进行充分的论证，更为严重的是，指战员们根本不了解潮汐、船舶等因素在两栖作战中的影响力。
国民党驻守金门岛的是第22兵团第5军和第25军以及刚从台湾调来的第201师，拥有8个团2万人。其中，第5军原是国民党的“五大主力”之一，不过，第5军的老部队已在淮海战役中全军覆没，现在的第5军是其残余及征招新兵而重新组建的，且在厦门战役中，其166师已基本被歼，剩下的第5军军部和第200师约3
余人据守在小金门。第25军是一个屡战屡败的部队，早在淮海战役第一阶段，该军即被歼于碾庄，后在福建重新建军，又在我进攻福州的战斗中基本被重歼，残部逃到金门时仅缩编成一个团，之后，国民党空军又将机场警卫部队偏成40、45两个师，与原25军残部一起重新成立了25军。
刚刚从台湾调至金门的第201师是原青年军部队，是抗日战争末期蒋介石以“十万青年十万军”为口号组织起来的，其待遇、装备均较其他部队优越，被蒋介石视为心腹嫡系。
此外，金门岛还有一支装甲部队，即国民党战车第3团第1营，该营于1949年初组建，其主要成员均是从双堆集包围圈和华北战场上逃回的装甲兵人员，该营拥有重15吨，配置一门37毫米炮的美制M5A1坦克21辆，是反登陆作战强有力的力量。
战前分析，国民党在大金门岛和小金门岛各驻军17000和3000人，其中，新兵又占多数，只有201师和战车营是较有战斗力的部队。当时，金门岛上虽然抢修了一些防御工事，但这些工事防御能力并不强大，多是成一线配置的野战土木工事。
28军前指受命攻金后开始了渡海作战准备工作。然而，由于国民党从大陆沿海撤退时，对渔民的船只大肆破坏和掠夺，所剩渔船寥寥无几。这使我军准备渡海作战船只发生困难。直到10月24日才搜集到集中一次可肮渡3个团约8000人的船只，这离10月18日下达的进攻金门作战的部署命令的总攻时间——10月20日已推迟了4天。
10月18日下达了作站部署命令，其时，兵团包括叶飞司令员在内的不少领导到达厦门才4天时间，命令要求：以我28军82师全部、84师251团、29军85师253团及87师259团共6个团的兵力分两个梯队进攻，以迅雷不及掩耳的动作直插小金门。这一命令所要求准备的船只实际上直到真正发起总攻时也未完成。
由于无法筹措到一次性渡运6个团部队的船只，第28军前指作出了如下一个过于理想化的预想：第1梯队登陆3个团，纵使有部分损失，船只返回时第2梯队、第3梯队还可以再航渡3个团，这样总共可有6个团大约13000人登陆。
这预想未料到这些新筹措的船只的船员大多是外地人内航道不熟，又未经统一施训，故指挥调度十分困难。也未考虑敌情和海情的变化，敌人随时可能的增援，更未考虑国民党海、空军较为强大的作战能力。况且，在厦门之战结束时，金门守军已经得到了胡琏兵团18军的增援，岛上国民党总兵力已达3
人。
国民党总部不仅命令胡琏兵团18军增援金门岛，而且还不断派兵增援，这一态势已为10兵团领导所觉察。当解放金门的计划上报到主管华东野战军作战事宜的粟裕副司令那里时，粟裕曾特别强调了如下三点：（1）以原敌25军108师12000人计算，只要增敌1个团也不打；（2）没有一次载运6个团的船只不打；（3）要求苏北或山东沿海挑选6000名久经考验的船工，船工不到不打。然而，过于轻敌的28军领导和10兵团领导却轻率地认为，只要能在大规模增援之敌还未立稳脚跟前攻占小金门，就能赢得战役的胜利。叶飞司令员在胡琏兵团已到达金门岛时仍以为胡琏兵团还在海上徘徊，认为此刻发起登陆进攻是一个战机，如有延误，金门的情况很可能发生变化。于是，在未审核28军作战命令的情况下，召集兵团作战处长、情报处长和福建省有关人员仅凭28军的一纸电报进行研究，仓促地批准了第28军于24日晚攻击金门的战斗。